章德太后的刚愎自用与窦氏外戚的专权跋扈，早已激起了朝中一众正直朝臣的强烈不满。他们忧心汉室江山，屡屡上书进谏，痛陈外戚专权之弊，有时甚至不惜以死抗争。仅据《资治通鉴》记载，在章德太后临朝称制的短短近五年时间里，大臣们针对窦氏专权、朝政紊乱等各种问题，先后上书进谏多达十五六次。然而，这些忠言直谏，大多石沉大海，未能撼动窦氏的权势分毫。
永元三年（91年）正月，刘肇年满十四岁，按照汉朝礼制，需行加元服之礼，也就是冠礼，以示成年。依照古礼，行冠礼之前，应先行卜筮之仪，占卜选定吉日良辰，再挑选德高望重的筮宾为受冠者加冠。章德太后为彰显对刘肇的重视，任命司徒袁安为筮宾，主持冠礼仪式。冠礼之上，袁安为刘肇加冠，太后则依照惯例，赐予刘肇束帛、乘马等物。加冠之后的刘肇，虽名义上已成年，却依旧未能亲掌朝政，窦氏外戚依旧把持着大权。
同年二月，窦宪派遣副将耿夔领兵出征，发动了金微山之战。此役，汉军大获全胜，再度重创北匈奴残余势力。经此一战，窦宪威名远扬，权势愈发煊赫。地方各州的刺史、郡守、县令等官员，为了攀附窦宪，纷纷搜刮民脂民膏，向百姓征收繁重赋税，将所得钱财尽数用来贿赂窦宪，以求仕途晋升。大司徒袁安、大司空任隗，皆是朝中忠直之臣，见此情形，怒不可遏，二人联名上书，弹劾这些搜刮民财、贿赂权贵的地方官吏。刘肇虽未亲政，却也心怀百姓，当即下诏，罢免了袁安所奏劾的四十多名地方官吏。此举触怒了窦氏外戚，他们对袁安、任隗恨之入骨，自此便将二人视为眼中钉、肉中刺。
尚书仆射乐恢，亦是一位刚正不阿的大臣，他目睹窦氏外戚专权乱政，忧心忡忡，遂上疏朝廷，痛陈外戚干政的危害，恳请太后约束窦氏子弟，还政于帝。章德太后看罢奏疏，非但不听劝谏，反而心生不满。乐恢深知自己已触怒窦氏，恐遭报复，便主动辞官，返回州郡故里。即便如此，窦宪仍不肯罢休，他依仗权势，派人对乐恢威逼利诱，最终逼迫乐恢服毒自尽。乐恢之死，令满朝文武大为震恐，群臣皆惧窦氏淫威，自此纷纷跟风逢迎窦宪，无人再敢违抗其旨意。唯有袁安，坚守本心，时常为汉室江山的前途命运忧心忡忡，暗自呜咽流涕。
尚书仆射郅寿，见窦宪权势滔天，愈发骄纵，心中愤懑难平，遂上书弹劾窦宪，历数其骄奢淫逸、结党营私的罪状。为警醒朝廷，郅寿更是搬出王莽篡汉的旧事，告诫众人，若放任外戚专权，必将重蹈覆辙，汉室江山危在旦夕。然而，郅寿的忠直之言，不仅未能撼动窦宪分毫，反而为自己招来杀身之祸。窦宪恼羞成怒，捏造罪名诬陷郅寿，最终逼迫郅寿含冤自尽。
永元三年（91年）十月，刘肇车驾行幸长安。抵达长安后，刘肇下诏，寻访汉高帝刘邦时期的开国功臣萧何、曹参的近亲后裔，下令让他们继承先祖的封地爵位。此举意在向群臣传递信号，希望众臣能够效仿萧何、曹参，忠心耿耿辅佐汉室，匡扶社稷。与此同时，刘肇诏令身在洛阳的窦宪赶赴长安伴驾。窦宪抵达长安后，其党羽为讨好他，竟私下议论，欲在拜见窦宪时高呼“万岁”。此事被尚书韩棱得知，他怒不可遏，厉声斥责道：“礼无人臣称万岁之制！”一番话，义正词严，方才止住了这场谄媚的闹剧。同年十一月，刘肇前往汉高祖刘邦等西汉十一帝的陵寝，举行隆重的祭祀大典，以告慰先祖。十二月，西域传来捷报，班超率领将士，成功制服了西域的龟兹、姑墨、温宿等国，西域诸国再度归附大汉。刘肇闻报大喜，当即下令复置西域都护府，任命班超为西域都护，全权处理西域事务。同时，册封随行入朝的龟兹国侍子白霸为王，并派遣使者护送他返回龟兹国，继承王位，以稳定西域局势。
同年十二月，刘肇结束了在长安的行程，率领文武百官返回京师洛阳。此时的朝堂，窦氏势力已然盘根错节，窦宪更是权倾朝野，其心腹党羽遍布朝野内外。窦宪以邓叠、郭璜二人为心腹，二人倚仗窦宪的权势，在朝中横行无忌。永元四年（92年），章德太后下诏，册封邓叠为穰侯，恩宠有加。邓叠得势后，与其弟弟邓磊、母亲邓夫人，以及郭璜、郭举父子相互勾结，形成了一个庞大的利益集团。其中，邓夫人与章德太后交情深厚，时常出入宫廷；郭璜则在章德太后所居的长乐宫中任职，深得太后信任；其子郭举更是依仗这层关系，时常入宫觐见太后，竟深得太后宠幸。