在法制建设方面，刘肇摒弃了此前严刑峻法的治国理念，转而主张宽刑慎罚，体恤民情。他特意任命陈宠担任掌管刑狱的廷尉一职。陈宠此人，生性仁厚，富于同情心，断案之时，从不滥用酷刑，而是始终依据儒家经典之中的仁政思想，“务从宽恕”。在他的主持之下，许多积压已久的冤狱得以平反，不少罪不至死的囚犯得以从轻发落，朝堂之上的法治风气为之一新，百姓们也纷纷称颂刘肇的仁德。
刘肇的宽仁之心，不仅体现在治国理政之上，更体现在对身边人的包容与体谅之中。永元九年（97年），曾经临朝称制的章德太后与世长辞。由于当年宫廷之中严守秘密，汉和帝刘肇实为梁贵人所生的身世，始终未曾对外公开。章德太后去世之后，梁家之人终于敢将当年的真相奏明朝廷，为含冤而死的梁贵人讨一个公道。直到此时，刘肇才终于知晓了自己的身世之谜，明白了自己的亲生母亲并非章德太后，而是那位早逝的梁贵人。
在如何安置章德太后的身后之事上，朝堂之上再度引发了一场激烈的争论。三公大臣联名上奏，提出：“请依光武帝黜吕太后故事，贬章德太后尊号，不宜合葬先帝。”他们认为，章德太后当年专权跋扈，残害忠良，甚至谋害了刘肇的生母梁贵人，理应剥夺其尊号，不准与汉章帝合葬。然而，刘肇却念及章德太后对自己的养育之恩。自襁褓之中起，他便被章德太后收养，太后虽有诸多过错，却也曾悉心照料他的衣食起居，将他扶上太子之位。思及此，刘肇感慨万千，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应因为太后的过错，便将其养育之恩全然抹杀。最终，他力排众议，不仅没有降黜章德太后的尊号，反而追谥其为章德皇后，准许她与汉章帝合葬。与此同时，刘肇还对自己的生母梁贵人、以及同样遭受冤屈的宋贵人的后事，作出了妥善安置，追封梁贵人为皇太后，为其平反昭雪，以告慰其在天之灵。
在经济民生方面，刘肇更是将体恤百姓疾苦的理念贯彻到了实处。他多次下诏，命令各地官府开仓放粮，赈济遭受水旱灾害的灾民，妥善安置流离失所的流民；同时还屡屡减免百姓的赋税，减轻民众的负担。他深知农业乃是国之根本，因此多次告诫地方官吏，务必督促百姓农桑，勿违农时，以保证农业生产能够顺利进行。在刘肇的勤勉治理之下，东汉王朝的经济得到了空前的发展。到永元十七年（105年），全国的垦田面积达到了七百三十二万多顷，创下了东汉一代的最高纪录；户籍人口更是增长到了五千三百二十五万多人，呈现出一片国泰民安的盛世景象。
永元五年（93年）二月，刘肇得知，去年秋季各地的小麦收成欠佳，百姓家中粮食匮乏，心中忧虑不已。他当即下诏，要求各郡国详细上报境内贫困到无法自给自足的户口人数，以便朝廷精准施策，予以救济。同时，他还在诏书中严厉指出：“以前郡国上报的贫民，用衣鞋和炊具当饭钱，而豪强却以此谋利。”原来，此前有些地方的豪强地主，趁着贫民无粮可食之际，巧取豪夺，用极低的价格收购贫民的衣物、炊具等基本生活物资，借此压榨百姓，中饱私囊。刘肇得知此事后，怒不可遏，当即下旨查办这些为富不仁的豪强。他还严令规定：如果有郡国长官不能以身作则，亲自督促农业生产，反而肆意骚扰百姓，加重民众负担，若再有此类情况发生，即便是二千石的高级官员，也要先投入大牢，依法治罪。这道诏令的颁布，极大地打击了豪强地主的嚣张气焰，保护了贫苦百姓的切身利益。
刘肇体恤民众疾苦的举措，远不止于此。他多次诏令各地官吏清理积压的冤狱，为蒙冤之人平反；抚恤鳏寡孤独，为他们提供基本的生活保障；矜悯孤儿弱童，设立专门的机构加以收养；并一再减轻百姓的赋税徭役，让民众能够休养生息。与此同时，他还常常告诫上下官吏，要认真反思自身的施政得失，思考造成天灾人祸的自身原因。而刘肇自己，也常常以“万方有罪，在予一人”的古训来自责。例如永元八年（96年），京城洛阳地区发生了严重的蝗灾，庄稼颗粒无收，百姓苦不堪言。刘肇得知此事后，当即下诏罪己，开篇便说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”其忧民之心，殷殷可见，令满朝文武与天下百姓无不深受感动。