永元四年（92年），东汉王朝以雷霆之势连番出击，重创盘踞漠北的北匈奴主力。经此数战，北匈奴主力已然溃散，单于率部远遁西迁，广袤的漠北之地一时空虚，不复往日狼烟迭起的景象。然而，仍有部分北匈奴残部不愿远离故土，辗转退居到伊吾附近的草原地带，苟延残喘。群龙无首之际，其首领於除鞬趁机收拢部众，自立为新一任北匈奴单于。
彼时，东汉威势正盛，於除鞬深知仅凭残部难以与大汉抗衡，为求自保，他亲率部众奔赴蒲类海畔，遣使向东汉朝廷递上降表，请求归降。汉和帝刘肇览奏之后，权衡利弊，为了安抚北匈奴残部、稳固边疆局势，遂下诏在伊吾地区特设护匈奴中郎将一职，专门负责统领、监护北匈奴降众。自此，南匈奴早已归附大汉，北匈奴残部亦纳入东汉统辖范围，南北匈奴一并归于东汉都护体系之下，大汉王朝开创了“并恩两护”的边疆治理新格局。
然而，匈奴部族桀骜不驯，归附之心并非坚如磐石，在此后的数年间，南北匈奴时有叛乱之举，幸而东汉朝廷早有防备，每次叛乱皆被迅速出兵讨平，边疆局势得以维系稳定。
永元五年（93年），归降未久的北匈奴於除鞬单于，眼见东汉朝堂初定、边防空虚，便心生叛志，率领部众反叛大汉，侵扰边塞。刘肇闻讯，龙颜震怒，当即派遣护匈奴中郎将任尚领兵出征。任尚久经沙场，治军严明，率领汉军铁骑直扑叛军巢穴，一番激战之后，大破北匈奴叛军，於除鞬单于兵败被诛，北匈奴残部再度溃散，伊吾一带重归安宁。
无独有偶，同年，归附东汉的南匈奴单于安国亦起异心，暗中勾结匈奴贵族，密谋叛乱。幸而南匈奴骨都侯喜忠心汉室，识破了安国的阴谋，当机立断，率领本部兵马突袭单于王庭，斩杀安国，及时平定了这场内乱，使得南匈奴的局势免于动荡。
永元六年（94年），边疆烽烟再起。此前归降的北匈奴部众，素来与南匈奴单于师子不睦，积怨已久。是年，北匈奴降众终于爆发不满，十五个部落共计二十余万人一同反叛，他们拥立逢侯为新的单于，聚众作乱，烧杀抢掠，无恶不作。叛军所过之处，官吏百姓惨遭屠戮，庐帐房舍化为焦土。随后，逢侯率领叛军裹挟着大量粮草辎重向北撤离，企图渡过漠北草原，重返昔日匈奴故地，割据一方。
叛军声势浩大，边疆告急的文书雪片般传入洛阳。刘肇临危不乱，迅速调兵遣将，任命光禄勋邓鸿为主帅，统领越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、护匈奴中郎将杜崇等一众将领，率领数万汉军精锐，开赴边疆征讨叛军。
同年九月，汉军主力开拔，与叛军形成对峙之势。十一月，护匈奴中郎将任尚率领鲜卑大都护苏拔廆、乌桓大人勿柯所部八千骑兵，疾驰至满夷谷设伏，恰好拦截住向北逃窜的逢侯叛军主力。狭路相逢，汉军与鲜卑、乌桓骑兵并肩作战，奋勇冲杀，叛军猝不及防，阵脚大乱，一时间尸横遍野，溃不成军。
与此同时，越骑校尉冯柱率领另一路汉军，趁胜追击溃败的叛军残部，再度大破敌军。经此两战，汉军前后共斩首叛军一万七千余级，逢侯单于见大势已去，不敢再作抵抗，只得率领残部仓皇逃出塞外，远遁他乡，北匈奴的叛乱终被彻底平定。
永元八年（96年）五月，逢侯单于的左部匈奴人，因不堪其暴虐统治，纷纷脱离叛军，南下归降汉朝。刘肇宽厚待人，欣然接纳了这批降众。然而，归降的匈奴人中，有一位名叫乌居战的首领，曾是南匈奴单于安国叛乱的同谋，手上沾满了汉军与百姓的鲜血。朝廷有意追究其罪责，乌居战闻讯后，心生畏惧，竟再次率领部众反叛，侵扰边塞。
同年七月，刘肇派遣度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱率军追讨叛军。冯柱深谙兵法，用兵如神，迅速击溃了乌居战的叛军，最终将其斩杀，彻底肃清了北匈奴残部的叛乱隐患。