就在牛道嘉陷入鬼子重围弹尽粮绝时，黎甲魁带领大批苏沪游击纵队的步兵和30多辆坦克冲杀过来，再一次将鬼子部队钉在苏州一线寸步难行。
赵大虎命令柯华将常州战斗的指挥权交给端木长烟，然后在常州以南收容东线撤回的部队，沿太湖与滆湖之间的大路北端构筑防线，阻击鬼子向西山方向追击。
柯华将撤回来的重炮大队安排在武进以东，补充弹药后掩护其他部队撤退，野战医院优先在溃退回来的守备营、民兵帮助下撤向西山方向，武震的骑兵大队、牛道嘉装甲大队向常州北面的鬼子第十一独立混成旅团进攻，与野战军第三步兵纵队对鬼子形成夹攻。
武穆军很快将鬼子赶出常州城，稳住常州一线，并且得到弹药给养的补充，各部队任凭鬼子几百架次飞机的狂轰滥炸，就是再也不后退半步。
西山东南方向，第十二独立混成旅团的鬼子在飞机掩护下，勉强集结起来，向西山方向拉开进攻架势，结果是虚晃一枪，返身沿原路突围，返回嘉兴。
南京出发的鬼子在溧水被溧水守备营及增援的野战军第三步兵纵队的一个大队在茅山南侧阻住，同样陷入苦战。
泽田茂接到各部队士兵疲惫不堪、给养弹药耗尽、伤员无法照顾等等报告，意识到30多天的战斗已是各部队的作战极限，于是上报畑俊六，请求结束会战。
畑俊六知道各部队损失惨重，自己又无兵可派，只好同意撤兵。
又一场台风给双方解了围，使双方体面地撤出战斗。
周二狗得到的统计结果是：参战部队97000余人，伤亡达四分之三；重炮、坦克、装甲车、佛光飞雷、卡车等重装备损失过半，只有牛道嘉在黎甲魁的协助下缴获鬼子一批坦克、装甲车，王一郎部在芜湖港缴获了一批武器弹药。安排好部队就地警戒、休整后，接下来的问题是药品被大量消耗，急需补充储备、兵员。
经过江南江北两个主战场的近40天战斗，武穆军虽然使长江沿岸鬼子的抢粮计划完全落空，也大量杀伤了鬼子的有生力量，自己也元气大伤，损失了一半以上的作战部队，重装备损失达三分之二。周二狗等人决定暂时停止对敌作战，使根据地获得一段休养生息的时间。
可是，畑俊六屡次受武穆军挫败，决定对武穆军重点作战，彻底清除皇军占领区腹地的这个心腹之患，所以调集作战资源，要以细菌战给元气大伤的武穆军根据地来一个雪上加霜。
台风过后，烟消云散，鬼子大批飞机再次轰炸武穆军苏南根据地和武穆军、新四军的江北根据地。这次鬼子用的是细菌弹，霍乱、伤寒、鼠疫病菌随着大批老鼠、昆虫在苏南、江北传播。
夏季事宜的气候给瘟疫传播提供了极大的便利，武穆军根据地被瘟疫笼罩上愁云惨雾。
武穆军经历过细菌战，王紫微、马青翰、王长庚等人马上按防疫预案紧急动员，隔离人员流动、大面积消毒、紧急救治，一切进行的有条不紊，而且由马青翰亲自带队前往江北的武穆军、新四军根据地部署防疫。只是药品极度匮乏，好在武穆军有大批的石灰用来进行大面积的消毒，镇江是产醋名镇，大批镇江白醋经过武穆军化工厂深加工制成醋酸。
江北武穆军、新四军也抓紧建设石灰窑，用来做消毒剂，同时武穆军的摩托快艇将大批酒精醋酸及其他药品运往江北。
新四军根据地的公共卫生基础远不如武穆军根据地，在马青翰救护队指导下紧急修建大批厕所，并用石灰对粪便进行消毒，大力宣传卫生习惯，对病死的尸体进行火化、深埋、石灰消毒，总算是将瘟疫控制在一定程度。
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