中国国家对日索赔的第二阶段中止于国家的未统一状态。
９４８年月日，美国陆军部长亚罗尔在一次演讲中公开宣布“今后对日占领政策是扶植强有力的日本政府，……以便起到可以防御今后在远东方面发生新的共产主义威胁的堡垒作用。”这标志着美国对日政策来了个８０度的大转变——由战后初期的抑日变为扶日。此后，美国走上了重新武装日本的道路。949年下半年，美英协调策划单独对日媾和。此时，中国的局势发生了根本性的变化人民解放战争节节胜利，国民党政权土崩瓦解。至950年4月，印度、英国、印尼等国家承认了新中国。朝鲜战争爆发，美国加紧了单独对日媾和的工作。此时，台湾方面为得到美国的支持和帮助以及为了在对日和谈中取得所谓“中国合法政府”代表的地位，在日本赔偿问题上一改原来的积极立场，转而看美国的脸色行事，对美国对日和约七原则和备忘录采取“无可奈何”的态度，首次表示对日索赔可酌情核减或全部放弃。
美国为了早日实现其扶日反共的目的，竟然置中国作为主要战胜国的权益于不顾，借口盟国对中国政府的认同有分歧而单方决定不邀请中国代表出席95旧金山和会，主张中国应在会外与日本单独缔结和约，对于将由中国哪一方与日本缔约，美国强调“应由日本去决定”。这种把中国排除在对日和约谈判之外并且给予日本选择缔约对象权利的做法，使中国在对日和约问题上失去了主动地位。中国海峡两岸对美国无视中国权益的作法均表示了强烈的反对，８月５日，周恩来外长代表新中国政府对此提出了抗议，指出将于９月在旧金山召开的对日和约会议背弃了国际义务，中国不予承认。然而，美国当局不顾中国的强烈抗议一意孤行，于９月４日－８日召开了有５２个国家出席的旧金山会议并操纵通过了旧金山和约。旧金山和约是很不公正的条约，它把对日作战的起始时间定为９４年２月７日，从而抹杀了中国人民自９３年９月８日起，特别是９３７年７月７日起的单独抗击日寇的历史。同时，和约在赔偿问题上极力放纵日本，仅泛泛地规定“日本国对战争中造成的损害及痛苦，将向盟国支付赔偿。”对具体赔偿数额绝口不提，却对战胜国的索赔要求作出限制只能“利用日本人民在制造上、打捞上及对各该盟国的贡献的其他服务上的技能与劳作，作为协定赔偿各国修复其所受损失的费用”，而且必须在“日本可以维持生存的经济范围内进行”。这种以日本人的劳务取代日本战争赔偿的作法等于释解了日本的应有战争赔偿，遭到了亚洲、欧洲正义国家的反对。除了中国、朝鲜、越南未被邀请赴会外，缅甸和印度拒绝出席会议，而出席会议的苏联、捷克斯洛伐克和波兰会后拒绝签字。世界上半数人口是不承认旧金山和约。９月８日，周恩来外长代表新中国政府严厉谴责了旧金山和约，指斥它是“一个复活日本军国主义，敌视中苏，威胁亚洲，准备新的侵略战争的条约”。同时声明，“旧金山和约由于没有中华人民共和国参加准备、拟制和签订，中央人民政府认为是非法的、无效的，因而是绝对不能承认的。”然而，退踞台湾的国民党当局为了争得与日本缔约的所谓“正统地位”，竟转而承认旧金山和约，９５年９月２日，台湾当局外长叶公超发表声明表示愿意以旧金山和约为蓝本与日本签订双边和约。
旧金山和约极大地改善了日本战后所处的不利地位，给了日本利用中国分裂状态实质取消战争赔偿的玩弄伎俩的机会。９５年０月底，吉田在日本参议院的演讲时公开表示“如果中共在今后三年内能够接受旧金山和约，日本政府自然愿意与之谈判并缔约，丝毫不会提出反对。”日本政要玩弄的伎俩使台湾方面如坐针毡，为了保住所谓的正统地位，台湾提出的和约草案对日作出重大让步，规定中国“承认日本国如欲维持足以生存之经济，则其资源目前不足以完全赔偿所有此类损失及灾难，同时并承担其他义务”，因此，只要求“利用日本国民为中华民国从事生产打捞及其他工作，以作为补偿。除此以外，中华民国放弃一切赔偿要求，放弃该国及其国民因日本国及日本国民在作战过程中所采取任何行动而产生之其他要求。”这就在实质上放弃了日本的战争赔偿。日本方面却如中山狼一般步步紧逼，进一步提出连劳务补偿也不给了，蛮不讲理地坚持台湾可以根据旧金山和约没收日本在华财产和资产作为补偿，不应再提劳务补偿的要求。不仅如此，日本仿佛把战败国的身份忘在了脑后，竟多次提出自己起草的和约草案，气焰嚣张至极。台湾代表虽然还想力争，但美国人突然在背后又捅了一刀952年３月２０日美国国会批准了旧金山和约并于４月日宣布旧金山和约将于４月２８日生效。和约正式生效将使日本解脱战败国束缚恢复主权，在对华缔约问题上将更为主动，限定的生效时间对台湾的谈判更为不利。美国的背后一刀逼迫台湾方面在旧金山和约生效前与日本达成和约，为此被迫在赔偿问题上作出全面让步，于３月２５日沉痛决定放弃全部赔偿。